这里还繁育着诸多特有物种，具有重要的生态价值，与人类的生产生活息息相关。从科学研究到餐桌，不同的长江特有物种都扮演着重要的角色。
人工养殖离不开野生鱼原种
民间流传着“长江三鲜”的说法，指的就是刀鱼、鲥以及河豚。它们与一般定居类鱼类不同，属于河海洄游鱼类，咸淡水两栖，每逢春季就溯江而上，在淡水中产卵繁殖后入海。因此，不仅肉质特别细嫩腴肥，且营养丰富。
按照完成生活史所需要的空间范围大小，长江鱼类可以划分为河海洄游型鱼类(如中华鲟、刀鲚、鲥等)、江湖洄游型鱼类(如“四大家鱼”——青鱼、草鱼、鲢和鳙等)、河道洄游型鱼类(如圆口铜鱼、长鳍吻鮈和长江鲟)和定居型鱼类(如鲤、鲫、鲇鱼等)，其中很多鱼类都曾是人们餐桌上常见的美食。很长时期内，“长江野生鱼”一直受到美食爱好者的追捧。
然而，随着近几十年来人类活动的加剧，长江流域的鱼类资源持续衰减。如今的餐桌上已经不再能见到“长江鲥鱼”这道菜了。
现在人们常吃的“水煮鱼”“剁椒鱼头”等美味佳肴的原材料，都是养殖鱼，但物美价廉的养殖鱼仍然离不开长江野生鱼。
这是因为，“鱼塘里人工养殖的鱼通常是固定的几对亲鱼的后代，长期近亲繁殖后基因就会退化，容易生病，因此必须要有野生鱼来改善其种质资源，这样养殖鱼才能长得快、长得好。” “长江十年”禁渔首倡科学家、中国科学院院士曹文宣介绍道。
长江流域是我国淡水渔业的种质资源宝库，目前国内绝大多数淡水养殖品种来源于长江。中国科学院水生生物研究所副研究员刘飞告诉记者，“在‘四大家鱼’人工繁殖技术尚未取得成功以前，国内人工养殖的‘四大家鱼’的苗种均来自于长江中下游的天然捕捞，而‘四大家鱼’人工繁殖技术取得成功以后，人工繁殖用的亲鱼仍然需要定期引进长江流域天然苗种培育的原种，以保证种质资源的纯正和复壮。”
可见，长江鱼类资源的兴衰直接影响到长江流域的鱼类生物多样性和水域生态环境健康，关系着我国淡水渔业的永续发展。
禁捕使鱼类物种多样性水平提升
长江流域还分布着大量的珍稀濒危鱼类，这些物种的生存现状反映着长江生态系统是否健康。
以长江上游的赤水河为例，这里生活着长江鲟和胭脂鱼等国家重点保护动物，中国科学院水生生物研究所在此建立了生态观测试验站，对赤水河流域的禁渔效果和生物多样性现状进行监测和评估。
“赤水河是长江上游珍稀特有鱼类的重要栖息地和繁殖场所，也是长江上游唯一干流未建水电大坝的一级支流，通过监测活动掌握禁渔效果，能及时发现问题，提出相应的解决措施，同时也为其他流域的生态修复工作提供示范。”刘飞告诉记者。
令人惊喜的是，监测结果表明，赤水河流域全面禁渔以来鱼类资源明显恢复，多样性水平得到逐步提升。
“这具体表现为，特有鱼类种类增加，在监测江段消失多年的土著鱼类如鳗鲡、异鳔鳅鮀和鲈鲤被重新采集到;珍稀鱼类资源逐步恢复，长江鲟和胭脂鱼两种国家重点保护动物的采集数量均明显增加;资源量也明显增加，单船监测产量较禁渔前增加1倍左右;种群结构日益优化，鱼类栖息繁殖状况显著改善。”刘飞介绍道。
赤水河流域珍稀鱼类资源的逐步恢复，是禁渔与生态修复所带来的直观效果。
如今，生物多样性水平提升的现象在长江的其他江段也有发现。在农业农村部长江办、生态环境部长江流域生态环境监督管理局等多部门于2020年联合发布的《长江流域水生生物资源及生境状况公报(2019年)》中显示，长江武汉至安庆段枯水期监测到长江江豚102头次，湖口至南通段丰水期监测到243头次，洞庭湖和鄱阳湖枯水期分别监测到252头次、1049头次。
长江流域“十年禁渔”已启动，我们期待看到长江常见鱼类种群规模的继续增大，更期待长江流域国家保护野生动物的身影常伴左右。
长江流域野生物种你认识哪个?
据不完全统计：长江流域内有424种鱼类，其中纯淡水种类338种，接近全国淡水鱼总数的1/3，受威胁物种的比例也达到了全国受威胁鱼类物种总数的1/4以上，其中长江流域特有种有162种，占国内鱼类特有种总数的一半以上;流域内两栖动物物种145种，接近全国总数的45%，其中长江流域特有种有49种，占整个流域物种数的33.79%;流域内水生哺乳动物物种有两种，全部为国家重点保护动物，且皆为长江流域特有种。
白鱀豚是长江中特有的淡水哺乳动物，也是我国特有的小型淡水鲸。它的自然种群数量极少，身体呈纺锤形，脐处最粗。体长1.5~2.5米，体重约230千克。吻极狭长，约30厘米，前端略上翘。
2007年8月8日，《生物学快报》发表结论性报告，正式宣布白鱀豚已经完全失去了在长江自然环境中生存繁衍的能力，已功能性灭绝。
“微笑天使”长江江豚，是长江流域的另一淡水哺乳动物，是国家一级保护野生动物，在2018年被证明是我国长江流域的独立物种。
长江江豚体型较小，头部钝圆，额部隆起稍向前凸起;吻部短而阔，上下颌几乎一样长。全身铅灰色或灰白色，体长一般在1.2米左右。长江江豚性情活泼，食物包括青鳞鱼、鲈鱼、鲚鱼、大银鱼等鱼类和虾、乌贼等。
长江流域还生活着中国最大的淡水鱼类——白鲟。它又称作中华匙吻鲟、中国剑鱼，体长2~3米，最大的体长可达7.5米。因其吻部长状如象鼻，又俗称为象鱼。主产于中国长江自宜宾至长江口的干支流中，钱塘江和黄河下游也有发现。是中国特产稀有珍贵动物，属国家一级保护野生动物，有“水中大熊猫”之称。
有着“长江鱼王”之称的中华鲟，是我国长江中特有的江海洄游鱼类。体呈纺锤形，头尖吻长。1988年，中国首次公布国家重点保护野生动物名录，中华鲟被定为国家一级保护野生动物。2010年，中华鲟被世界自然保护联盟升级为“极危级”保护物种。
生长于长江水系的卵生动物胭脂鱼，色彩鲜明，侧扁，腹部宽圆，腹缘较直。胭脂鱼为底食性鱼类，主要以底栖无脊椎动物和水底泥渣中的有机物质为食，也吃一些高等植物碎片和藻类。分布于长江和福建闽江。
胭脂鱼早期分布十分广泛，长江流域大多地区都可见到，但是由于人为滥捕导致数量下降，属于易危等级，现为国家二级保护动物。
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